Социальные сети:

Анализ на бакпосев


Бактериальный посев и 9 правил сбора биологического материала

Правильный диагноз невозможно поставить без предварительно сделанных анализов. Полученная информация помогает врачу в диагностике и обеспечивает назначение правильного лечения. Одним особенным анализом считается бактериальный посев. Он берется из разного биологического материала. В статье рассмотрим все стороны и особенности этой процедуры.

Определение бактериального посева

Под бактериологическим посевом понимают особенное микробиологическое исследование, которое проводится в условиях лаборатории. В качестве исследуемого образца берется биологический материал, который подвергается просеиванию при определенной температуре. Цель такого исследования: выявить наличие микроорганизмов и установить их количество. В дальнейшем врач назначает по полученным данным лечение.

Бактериологический анализ широко применяется в онкологии, гинекологии, отоларингологии, хирургии, урологии и других областях.

Показанием для проведения бактериологического исследования считается воспалительный процесс в органах, системах человека и подозрение на заболевание сепсис.

Для исследования могут брать следующий бактериологический материал:

  • Мокроту.
  • Слизь из зева.
  • Слизь из уретры.
  • Мочу.
  • Сперму.
  • Грудное молоко.
  • Содержимое кисты.
  • Спинномозговую жидкость.
  • Желчь.
  • Кровь.
  • Материал, отделяемый от раны.
  • Содержимое воспалительных очагов.
  • Кал.
  • Слизь из носоглотки.

Из каждого перечисленного биологического материала высеивают следующие микроорганизмы:

  1. Слизь из урогенитального тракта исследуют на гонококк, трихомонаду, грибы Candida, уреаплазму, грибы Neisseria gonorrhoeae , микоплазму, грибы Trichomonas vaginalis, листерии. Так же здесь проверят состояние бактериальной флоры.
  2. Кровь обследуют на стерильность.
  3. Слизь зева и носа проверяют на листерии, гемофильную палочку, гемолитические стрептококки, менингококк, коринобактерии дифтерии, пневмококки, золотистый стафилококк.
  4. Раневое отделяемое, гнойные отделения, биопунктат исследуют на синегнойную палочку и псевдомонады.
  5. Кал проверяют на йерсинии, сальмонеллы, тифопаратифозный бактерии, условно-патогенные кишечные инфекции, пищевые токсикоинфекции. Так же испражнения обследуют на дисбактериоз кишечника.
  6. Мазок, грудное молоко, мочу, соскоб, желчь, сперму, суставную жидкость проверяют на бактериальную флору.

Достоинства и недостатки бактериального посева

К положительным моментам бактериального посева относят:

  • Метод исключает ложные реакции.
  • Позволяет проводить проверку абсолютно любой жидкости.
  • Результат исследования позволяет врачу правильно назначить лечение.

К отрицательной стороне относят:

  • Достаточно длительный промежуток проведения исследования.
  • Очень высокие требования к получению исследуемого материала.
  • Жесткие требования к квалификации персонала, которые проводят бактериологическое исследование.

Как собирают биологический материал

Качество исследования сильно зависит от правильности собранного биоматериала. Поэтому существуют строгие правила по забору, без соблюдения которых невозможно получить правильную информацию о состоянии здоровья человека.

  1. Собирать материал необходимо стерильными инструментами и помещать собранное только в стерильную посуду. Если это проигнорировать, забор материала и дальнейшие исследования станут бессмысленными.
  2. Собирать биоматериал необходимо строго до начала проведения терапии антибиотиками. В противном случае лаборант выявит ложные данные. Если пациент на сегодняшний день уже проводит антибактериальную терапию, то бактериологические исследования нужно проводить только через 10 дней после окончания приема последней таблетки.
  3. При сборе мочи нужно брать только среднюю порцию в утреннее время. Моча обязательно помещается в стерильную посуду. Количество собранного материала должно ровняться 10-15 мл. Кроме этого, обязательно нужно постараться доставить мочу в лабораторию менее чем через 2 часа после сбора.
  4. Перед сбором слизи из носа или зева нельзя есть, пить, чистить зубы и полоскать ротовую полость дезинфицирующими средствами.
  5. Сбор кала должен осуществляться стерильной лопаточкой. Время сбора утреннее. Складывать материал необходимо в стерильную посуду. Количество собранного кала должно равняться 15-30 грамм. Доставить его в больницу нужно менее чем за 5 часов. Нельзя оставлять кал на ночь и проводить замораживать его.
  6. Грудное молоко сцеживается только после проведения гигиенической процедуры. Для этого область сосков и груди тщательно промывают водой, затем обрабатывают тампоном этилового спирта крепостью 70%. Далее сцеживают 15 мл молока, которое не идет на исследование. Следующие 5 мл сцеживают в стерильный контейнер, его и направляют в лабораторию. Доставить материал необходимо в течение двух часов.
  7. Кровь на бактериологическое исследование забирают на фоне температуры. Для детей ее количество равняется 5 мл, для взрослых — 15 мл. Здесь нельзя забывать, что забор не проводится в период приема антибиотиков.
  8. Собирать мокроту необходимо во время начавшегося приступа кашля. В этот момент из горла выделяется слизь. Мокрота доставляется в лабораторию в течение одного часа.
  9. У женщин материал собирают спустя 14 дней после менструации, женщинам нельзя мочиться в течение 2 часов, а так же после приема антибиотиков должен пройти минимум один месяц. При сборе спермы у мужчин нельзя мочиться примерно 5-6 часов до взятия анализа.

Особенности проведения бактериологического анализа

Исследованию подвергаются любые материалы. У каждого из них есть свои особенности проведения.

Посев крови

В нормальном состоянии кровь не содержит никаких возбудителей. Определить их наличие под прибором микроскоп просто невозможно. Для выявления микроорганизмов бактерии сначала размножают в жидкой среде, которая является для них питательной. Затем образцы крови находятся в созданных для них условиях (при температуре 37˚С) до начала видимого роста. Длится этот процесс от 6 до 18 часов. Если исследуются бактерии, которые растут очень долго, кровь выдерживается в питательной среде в течение нескольких дней. Когда бактерии достигают определенных размеров их можно увидеть под микроскопом. На следующем этапе с выявленными бактериями проводят химические реакции, для того чтобы точно определить их вид.

Посев мочи

При исследовании лаборант выявляет микроорганизмы и определяет их количество. Диагностическое значение равняется 104-105 КОЕ/мл. Если их концентрация превышает норму, то говорят о положительном результате, то есть бак посев плохой. Лечение в этом случае сводится к приему антибиотиков, которые наиболее чувствительны к высеянным микроорганизмам. При анализе бывают случаи, когда общий анализ хороший, человек не имеет жалоб, а бак посев показывает кишечную палочку. В этом случае, скорее всего, не были соблюдены стерильные условия. Поэтому сбор и проведение повторных исследований придется повторить.

Посев мокроты

Подобный анализ назначается при частых и затяжных бронхитах. Вместе с выявлением патогенных микроорганизмов лаборант определяет чувствительность к антибиотикам. Это позволяет в дальнейшем правильно назначить эффективное лечение, сократить время болезни и добиться необходимого выздоровления.

Посев кала

Кал проверяют при различных кишечных инфекциях. В материале лаборант идентифицирует возбудителя. В здоровом кишечнике имеются некоторые условно-патогенные микроорганизмы в нужном качестве и количестве. Если микрофлора кишечника изменяется, то названные показатели тоже меняются. Больной жалуется на урчание, проблемы со стулом, метеоризм и боли в животе. Если возникает рвота и сильное расстройство стула, то бак посев проводят на дисбактериоз.

Бактериальный посев кала имеет следующую расшифровку:

  • Первая степень: имеются небольшие изменения микробиоценоза, чужая микрофлора не наблюдается.
  • Вторая степень: изменено количество бифидофлоры и лактофлоры, так же проверяют число эшерихий.
  • Третья степень: на этой стадии резко снижены или вообще отсутствуют лактофлоры, бифидофлоры, но преобладают дрожжеподобные грибы и гемолитические стафилококки.
  • Четвертая степень: здесь микробиоценоз сильно изменен, количество патогенных микроорганизмов сильно увеличено, выявляется протей.

На результат сильно влияют (в неправильную сторону) прием прибиотиков и антимикробных средств.

Посев спермы

Эякулят проверяют при болезнях урогенитальной области, а так же при подозрении на мужское бесплодие. Бак посев выявляет патогенные микроорганизмы, на которые в дальнейшем направляется основное лечение.

Есть несколько правил сдачи бак посева:

  1. Полное исключение половых контактов в течение 7 дней.
  2. Категорический запрет на прием алкогольной продукции за 4 дня до анализа.
  3. Если мужчиной принимались антибиотики, то посев назначают через 2 недели после окончание приема.
  4. Собирать сперму необходимо в контейнер со специальной питательной средой.
  5. Перед процедурой необходимо пописать, хорошо на совесть помыть руки с антибактериальным средством, сделать туалет с мылом мочеиспускательного канала. Далее половой член и головку вытереть стерильной салфеткой. Сперму собрать с помощью специальных манипуляций под названием мастурбация. Касаться в этот момент контейнера нельзя. Собирать эякулят нужно в утреннее время.
  6. Строго соблюдать время доставки спермы: в течение трех часов после процедуры сбора. Если по определенным причинам материал нельзя доставить в больницу вовремя, то его на время допускается поместить в холодильник. Время нахождения эякулята там не должно превышать 24 часов.
  7. В случае если сперму проверяют на микоплазму и уреаплазму, флакончик с материалом помещают в специальную транспортную среду.
  8. Анализ спермы обычно готов через неделю после сдачи.

Посев на флору

Так называют забор материала из влагалища. Проводят его сериальными инструментами в условиях больницы. Дискомфорт и неприятные ощущения женщине взятие материала из влагалища не доставит. Однако некоторую боль принесет сбор материала из уретры. Но для своего здоровья эту процедуру придется потерпеть. К тому же нужно быть готовой, что неприятные ощущения повторяться при первом мочеиспускании после мероприятия. Но они довольно быстро отпустят.

Когда бак посев на флору проинформирует о заболевании, доктор назначит соответствующее лечение. После приема препаратов всегда проводится повторный бак посев. По его результатам врач сможет скорректировать назначенную терапию.

Бактериальный посев при беременности

Чаще всего бак посев используется в гинекологии. Особенно при беременности. За все время вынашивания плода женщина множество раз сдает необходимые анализы. В этом списке присутствует и бак посев. Беременным женщинам он показан в обязательном порядке. Анализ также можно сделать еще на этапе планирования будущего ребенка.

При беременности исследуются биологический материал зева, носа и мочи. Анализ позволяет выявить опасные микроорганизмы, которые пагубно повлияют на развитие ребенка.

Не стоит бояться самой процедуры. Материал для исследования забирается гинекологом очень аккуратно.

Известно, что нарушения в формировании плода могут вызвать трихомонады, стафилококк, микоплазмы, хламидии и уреаплазмы. Наличие подобных микроорганизмов может привести даже к смерти плода. Такой грибок, как Кандида, провоцирует воспаление тканей, которые в последствие в родах подвергаются сильным разрывам.

Бакпосев позволяет выявить болезни, которые протекают в латентной форме. Они так же являются опасными как для плода, так и для здоровья самой матери. В случае их выявления проводится необходимое лечение. По его окончанию врач назначает повторное бактериологическое исследование.

В женских консультациях проверяют посев из носа и зева. Анализ необходим для выявления золотистого стафилококка, который является основной причиной возникновения послеродового сепсиса и гнойного мастита. При обнаружении лечение проводят еще до родов.

Исследование мочи беременных в лаборатории позволяет вовремя обнаружить патологию. В этот период нарушается пассаж мочи по естественным путям и в организме создаются все условия для развития вредной микрофлоры. Остановка этого процесса позволяет предупредить пиелонефрит, который часто мучает беременных женщин. Существуют определенные сроки сдачи бак посева мочи. Это время постановки на учет и тридцать шестая неделя беременности. Сдавать анализы придется в несколько раз больше, если у женщины есть к этому показания. Например, болезнь почек, лейкоциты и белок в моче.

Техника проведения бактериологического посева

Всего техник существует несколько. Большинство из них осуществляются с применением следующих инструментов:

  • Микробиологическая петля.
  • Чашка Петри.
  • Специальная петля с пипетками,.
  • Шпатели.
  • Иглы.

Микробиологическая бактериальная петля является универсальной, так как применяется во всех техниках. Для жидких материалов используют петлю с пипетками.

Последние два инструмента применяют при посеве на чашку Петри. Ее считается особенной. Ее применяют специально для посева на плотную среду. Чашка представляет собой специальный лабораторный сосуд плоской формы небольшой высоты. Изготавливают ее из прозрачного полистирола или стекла. В диаметре чашка Петри может равняться 50-100 мл. Высота ее всегда примерно 15 мл. Чашка Петри может быть двух видов: стеклянной и пластмассовой. Первая предназначения для многоразового использования, а вторую можно применять только один раз. Пластмассовая чашка является более стерильной, так ее доставляют в лабораторию в специальной плотно закрытой упаковке. Стеклянную чашку перед проведением бактериологического исследования всегда тщательно стерилизуют.

Бакпосев проверяют в специальных средах, которые могут быть твердыми или жидкими. Если размножается жидкий материал, то лаборанты используют пробирки.

Техника бактериологического исследования состоит в следующем: чашку Петри приоткрывают, затем наносят на плотную среду биологический материал. Далее начинают наблюдать за ростом этого материала. Бактерии начинают равномерно увеличиваться в количестве, превращаясь в густую полноценную культуру. После чего они начинают делиться на колонии. Спустя некоторое число дней лаборант идентифицирует возбудителя. Параллельно с эти проводя проверку на чувствительность к антибиотикам.

Результат посева

В конце проведенного исследования лаборант должен получить от исследуемого образца две оценки:

  • Качественную (есть ли подозреваемый возбудитель в исследуемом биологическом материале).
  • Количественную (какая его концентрация обнаружилась).

Качественную оценку расшифровывают с помощью степеней роста. Их выделяют всего четыре.

  • Первая степень: небольшой рост на довольно жидкой среде, в твердой среде рост полностью отсутствует.
  • Вторая степень: рост возникает на плотной среде (около 10 колоний).
  • Третья степень: так же оценивается рост на плотной среде (10-100 колоний).
  • Четвертая степень: больше чем 100 колоний.

В случае рассмотрения условно-патогенной флоры первые две степени не считаются болезнями. Скорее всего, это обычная загрязненность биологического материала. Третья и четвертая степень позволяет уже выявить причину заболевания.

Если анализ показал патогенную флору, то в расчет берутся все четыре перечисленных степени.

Количественная оценка принимается условно и определяется в КОЕ. Характеристика означает сообщество бактериальных клеток, которые смогли вырастить в колонию.

Колонии и КОЕ/мл соотносятся следующим образом:

  • 103/мл считается 1 колонией;
  • 104/мл берется 1- 5 колоний;
  • 105/мл это достаточный рост в 5-15 колоний;
  • 106/мл считается, что колоний более 15.

Количественная оценка так же важна. Она помогает определить степень обсемененности и провести контроль сделанного лечения.

Существуют примерные сроки готовности результатов посева:

  • Флора: 4-7 дней.
  • Слизь из носоглотки: 5-7 дней.
  • Кал: 4-7 дней.
  • Урогенитальный материал: 4-7 дней.
  • Кровь на определение стерильности: 10 дней. Однако здесь можно сказать предварительный результат уже через три дня.

Бактериальный посев — это весьма важная процедура, которая дает хорошую информативность о возбудителе болезни человека. Если ее назначил врач, то анализ необходимо обязательно пройти.

Какие гормональные препараты вы принимали для стимуляции овуляции?

Poll Options are limited because JavaScript is disabled in your browser.
  • Гонал 34%, 4486 голосов

    4486 голосов 34%

    4486 голосов - 34% из всех голосов

  • Клостилбегит 25%, 3267 голосов

    3267 голосов 25%

    3267 голосов - 25% из всех голосов

  • Менопур 17%, 2196 голосов

    2196 голосов 17%

    2196 голосов - 17% из всех голосов

  • Пурегон 14%, 1883 голоса

    1883 голоса 14%

    1883 голоса - 14% из всех голосов

  • Прегнил 8%, 1055 голосов

    1055 голосов 8%

    1055 голосов - 8% из всех голосов

  • Меногон 3%, 395 голосов

    395 голосов 3%

    395 голосов - 3% из всех голосов

Всего голосов: 13282

Голосовало: 9781

17 января, 2018

×

Вы или с вашего IP уже голосовали.

Бакпосев на микрофлору в гинекологии ☟ подготовка, что показывает, сколько делается

Современная лабораторная диагностика имеет в своем распоряжении огромный перечень разнообразных анализов. Бакпосев на микрофлору является эффективным методом бактериологической диагностики, проводимой в лабораториях.  Цель такого анализа - определение причины заболевания и выявление чувствительности возбудителя к антибиотикам. В гинекологии в основном для анализа забираются выделения из влагалища, цервикального канала и уретры.

Показания для бакпосева на микрофлору

Врач-гинеколог назначает бактериальный посев на микрофлору при следующих ситуациях:

  • Воспалительные процессы, сопровождающиеся зудом, болезненным и учащенным мочеиспусканием, болями в промежности и области поясницы. Кроме этих симптомов также воспалительный процесс может сопровождаться изменение

Бак посев мочи - бактериологический посев мочи на флору. Анализ мочи на стерильность.

Бактериологический посев мочи (бакпосев мочи) - вид бактериологического исследования, при котором выявляются и идентифицируются микроорганизмы (чаще всего это бактерии), находящиеся в моче, определяется их концентрация. С этой целью биологический материал (моча) помещается в благоприятную для роста и развития бактерий питательную среду (агар, сахарный бульон). Если рост микроорганизмов отсутствует, то результат отрицателен. Если рост бактерий или других микроорганизмов (например, грибков) все же выявлен в такой концентрации, при которой возможно развитие инфекции, то результат бакпосева мочи считается положительным.

Концентрация (количество микроорганизмов в единице объема биоматериала) при бакпосеве мочи определяется в колониеобразующих единицах (КОЕ). Колониеобразующая единица (colony-forming unit - CFU) - одна живая микробная клетка (или группа клеток), из которой вырастает видимая колония микроорганизмов.

В случае положительного результата бакпосева мочи - идентификации выявленного возбудителя инфекции необходимо выбрать эффективный для борьбы с ним антибактериальный препарат (антибиотик). Для этого проводится определение чувствительности к антибиотикам выделенных культур микроорганизмов (антибиотикограмма). Определение чувствительности к антибиотикам исключительно важно при назначении рациональной антибактериальной терапии.

Бактериологический посев мочи (бакпосев мочи) - довольно распространенное исследование, обладающее высокой чувствительностью и специфичностью. Широко применяется анализ на бакпосев при беременности. Серьезным преимуществом является высокая точность полученных результатов.

Анализ мочи на бакпосев (бакпосев мочи) также показан для определения эффективности проводимого лечения инфекций мочевыводящей системы.

Недостатками метода (преимущественно техническими) являются относительная длительность исследования и высокие требования к забору материала. Однако с помощью бакпосева мочи можно получить информацию, которую не могут дать другие методы исследований.

Показания к проведению бакпосева мочи:

  • инфекции мочевыводящей системы,
  • контроль проведенного лечения,
  • уточнение диагноза при нетипичной картине заболевания,
  • рецидивирующее течение заболевания,
  • беременность,
  • сахарный диабет,
  • иммунодефицит,
  • подозрение на резистентную (устойчивую к антибактериальной терапии) флору.

На бакпосев мочи берется средняя утренняя порция мочи в количестве 3-5 мл, собранная в стерильный пластиковый одноразовый контейнер. Контейнер для сбора мочи на бактериологический посев следует заранее получить в регистратуре лаборатории CMD. Сбор мочи для сдачи анализа на бакпосев мочи осуществляется после тщательного туалета наружных половых органов без применения антисептиков.

Биоматериал для исследования бакпосева мочи берется до начала антибактериальной терапии или в интервалах между курсами лечения, но не ранее двух недель после ее окончания.

Собранную мочу необходимо доставить в Лабораторию как можно быстрее: при комнатной температуре (+18+20°С) – в течение 1-2 часов; при +4+8°С (холодильная камера) - 5-6 часов.

KDL. Микробиологические исследования (посевы). Анализы и цены

Алергология. ImmunoCAP. Индивидуальные аллергены, IgE

Аллергены деревьев, IgE

Аллергены животных и птиц, IgE

Аллергены пыли, IgE

Аллергены трав, IgE

Пищевые аллергены, IgE

Аллергокомпоненты ImmunoCAP

Аллергокомпоненты деревьев

Аллергокомпоненты животных и птиц

Аллергокомпоненты плесени

Аллергокомпоненты трав

Пищевые аллергокомпоненты

Аллергология. ImmunoCAP. Комплексные исследования IgE (результат по каждому аллергену)

Аллергология. ImmunoCAP. Панели аллергенов IgE, скрининг (результат СУММАРНЫЙ)

Аллергология. ImmunoCAP. Фадиатоп

Аллергология. Immulite. Индивидуальные аллергены

Аллергены гельминтов, IgE

Аллергены грибов (кандида и плесневых), IgE

Аллергены деревьев, IgE

Аллергены животных и птиц, IgE

Аллергены клещей домашней пыли, IgE

Аллергены лекарств и химических веществ, IgE

Аллергены насекомых, IgE

Аллергены пыли, IgE

Аллергены ткани, IgE

Аллергены трав, IgE

Бактериальные аллегены (стафилококк), IgE

Пищевые аллергены, IgE

Пищевые аллергены, IgG

Аллергология. Immulite. Комплексы аллергенов, IgE (результат по каждому аллргену)

Аллергология. Immulite. Панели аллергенов, скрининг (результат СУММАРНЫЙ)

Аллергены деревьев, IgE (панель)

Аллергены животных и птиц, IgE (панель)

Аллергены трав, IgE (панель)

Ингаляционные аллергены, IgE (панель)

Пищевые аллергены, IgE (панель)

Аллергология. Immulite. Панели пищевых аллергенов IgG (результат СУММАРНЫЙ)

Аллергология. RIDA. Комплексы аллергенов, IgE

Аллергология. RIDA. Комплексы аллергенов, IgE (результат по каждому аллргену)

Аллергология. Местные анестетики, IgE

Биохимические исследования крови

Диагностика анемий

Липидный обмен

Обмен белков

Обмен пигментов

Обмен углеводов

Специфические белки

Ферменты

Электролиты и микроэлементы

Биохимические исследования мочи

Разовая порция мочи

Суточная порция мочи

Витамины, аминокислоты, жирные кислоты

Гематология

Гемостаз (коагулограмма)

Генетические исследования

HLA-типирование

Исследование генетических полиморфизмов методом пиросеквенирования

Исследование генетических полиморфизмов методом ПЦР

Молекулярно-генетический анализ мужского бесплодия

Гистологические исследования

Гистологические исследования лаборатории UNIM

Гормоны биологических жидкостей

Гормоны гипофиза и гипофизарно-адреналовой системы

Гормоны крови

Гормоны гипофиза и гипофизарно-адреналовой системы

Маркеры остеопороза

Пренатальная диагностика

Ренин-альдостероновая система

Тесты репродукции

Функция органов пищеварения

Функция щитовидной железы

Гормоны мочи

Диагностика методом ПЦР

COVID-19

Андрофлор, иследование биоценоза (муж)

Вирус герпеса VI типа

Вирус Варицелла-Зостер (ветряной оспы)

Вирус герпеса VI типа

Вирус простого герпеса I, II типа

Вирус Эпштейна-Барр

Вирусы группы герпеса

Возбудитель туберкулеза

ВПЧ (вирус папилломы человека)

Грибы рода кандида

Листерии

Парвовирус

Респираторные инфекции

Стрептококки (вкл. S.agalactie)

Токсоплазма

Урогенитальные инфекции, ИППП

Урогенитальные инфекции, комплексные исследования

Урогенитальные инфекции, условные патогены

Фемофлор, исследование биоценоза (жен)

Флороценоз, иследование биоценоза (жен)

Цитомегаловирус

Диагностика методом ПЦР, кал

Кишечные инфекции

Диагностика методом ПЦР, клещ

Клещевые инфекции

Диагностика методом ПЦР, кровь.

Вирус Варицелла-Зостер (ветряной оспы)

Вирус герпеса VI типа

Вирус простого герпеса I, II типа

Вирус Эпштейна-Барр

ВИЧ

Возбудитель туберкулеза

Гепатит D

Гепатит G

Гепатит А

Гепатит В

Гепатит С

Листерии

Парвовирус

Как берется анализ на бакпосев: подготовка, особенности проведения

Поставить диагноз и узнать о состоянии здоровья пациентов можно не только после внешнего осмотра или сбора анамнеза, но и после проведения микроскопических исследований, например, анализа на микрофлору. Результаты исследования можно получить в короткий срок, он является довольно точным и позволяет оценить общее состояние здоровья, определить наличие разнообразных болезней. Как берется анализ на бакпосев, что можно узнать из результатов и как проходит процедура? Об этом поговорим далее.

Анализ на бакпосев: особенности 

Человеческие органы, контактирующие с внешней средой, обладают особой микрофлорой. Это целый набор болезнетворных и довольно опасных микроорганизмов, количество которых не должно превышать нормальные показатели.

Их соотношениеизменяется, если в организм попадает инфекция или развивается воспаление.

Мазок или анализ на бакпосев – это бактериологический способ изучения изъятого биоматериала.

Главные достоинства этого метода – высокая результативность и простота. При проведении теста, собирается отделяемое со слизистой. Далее, биоматериал окрашивается или обрабатывается солевым раствором для дальнейшего изучения под микроскопом, посева в специальную питательную среду с сохранением основных требований.

После сдачи биоматериала, можно выявить грибки, бактерии и простые микроорганизмы, хотя с определением их вида намного сложнее. Подобные анализы помогают узнать о количестве микроорганизмов, их форме и локализации. Благодаря этому становится возможным выявить даже скрытые инфекции и болезни, оценить состояние органов и систем, узнать о наличии воспаления.

Бакпосев – достаточно точный анализ, который показывает пропорциональное соотношение микроорганизмов и их чувствительность к определенным медикаментам.

Бакпосев на микрофлору в гинекологии. Что показывает, расшифровка, подготовка, как сдавать анализ

Сдача анализа на микрофлору – это не сложная, но информативная гинекологическая процедура. Результаты приходят быстро. Метод помогает определить патологии в женском организме. Врач оценивает результаты исследования, ставит диагноз или определяет эффективность назначенного лечения, поэтому так важно делать анализ на микрофлору.

Содержание записи:

Что такое микрофлора в гинекологии и ее функции в организме

Микрофлора – это микроорганизмы, которые находятся во влагалище. От природы оно не стерильно. Происходит постоянное конкурирование бактерий за продукты питания и места обитания. В норме у женщины должно быть больше лактобактерий, которые защищают организм от действия патогенных бактерий.

У некоторых видов есть возможность вырабатывать перекись водорода (Н2О2), которая дополнительно не даёт расти и размножаться негативной микрофлоре. А также у женщины во влагалище преимущественно находятся бифидобактерии – обеспечивают кислую реакцию секрета.

В исследованиях указано, что при дисбактериозе лактобактерии влагалища могут выработать не больше 25% Н2О2. В норме эта цифра не должна быть ниже 90%. Помимо лакто- и бифидобактерий, во влагалище существуют разные микроорганизмы. При дисбактериозе уровень лактобактерий уменьшается, снижается кислотность влагалища.

Это чревато следующими последствиями:

  • снижение иммунитета;
  • повышенная вероятность заболеваний;
  • раздражение половых губ.

Если лечение будет несвоевременным, состояние доходит до бесплодия. Поэтому так важна нормальная микрофлора влагалища.

Как и при каких условиях появляется микрофлора

Нормальная микрофлора влагалища состоит из нескольких видов бактерий – более 300. Она может меняться. Изменение показателей микрофлоры допускается не только из-за наличия заболеваний.

Это зависит от следующих пунктов:

  • фаза менструального цикла;
  • гормональный фон;
  • возрастная категория;
  • способ контрацепции;
  • половая активность;
  • соблюдение правил гигиены.

К примеру, при месячных фазы могут колебаться. В первые дни цикла pH достигает 5 – 6. Происходит это из-за уменьшения количества лактобактерий. Когда менструация заканчивается, нормальные показатели (3,8 – 4,5) восстанавливаются.

Показания к исследованию микрофлоры

Бакпосев на микрофлору в гинекологии помогает оценить состояние половых органов женщины.

Процедуру назначают в следующих случаях:

  1. Присутствие секрета из влагалища. Он может быть обильным, обычно имеет неприятный запах.
  2. Возникновение болезненных ощущений при половом контакте с партнёром.
  3. В качестве подготовительной меры при искусственном (экстракорпоральном) оплодотворении.
  4. Для контроля здоровья будущей мамы. Анализ выполняют перед беременностью и во время неё. В последнем случае процедуру проводят 1 раз в триместр.
  5. Наличие болевых ощущений или дискомфорта внизу живота. Причём симптом не должен быть связан с циклом, потому что перед месячными допускается возникновение боли.
  6. Отклонение от нормального опорожнения мочевого пузыря. То есть, женщина часто хочет в туалет, выделяется мало мочи, появляется недержание.
  7. До этого врач назначил приём медикаментов из группы антибиотиков и нужно определить состав микрофлоры после терапии.

Процедуру проводят при подозрении на различные гинекологические заболевания:

  • вагинит;
  • молочница;
  • трихомониаз;
  • гонорея.

Кроме вышеуказанных причин, процедура обязательно выполняется при ежегодном осмотре. Так можно предотвратить различные заболевания в гинекологии или выявить их на ранней стадии. Обычно анализ на микрофлору влагалища назначает врач – гинеколог. И он же должен заниматься расшифровкой результатов.

Как определяют микрофлору в гинекологии

Определить составляющие микрофлоры влагалища можно только с помощью анализов. Других методов диагностики нет. Лабораторные результаты помогают врачу поставить правильный диагноз и назначить действующее лечение.

Существует 3 вида анализов:

  1. Общий. Выполняют на плановых ежегодных осмотрах. А также общий анализ назначают, когда женщине нездоровится. По результатам гинеколог может назначить прохождение других анализов.
  2. Определение скрытых инфекций. Выполняют при подозрении на хламидиоз, трихомониаз.
  3. Бактериальный посев. Назначают проведение при появлении симптомов кандидоза, гонореи. Бактерии попадают во влагалище и развиваются, возникает заболевание.

    Бакпосев на микрофлору в гинекологии

Если по результатам процедуры врач не может точно установить диагноз, дополнительно назначаются следующие виды мазков:

  1. По граму. С его помощью без ошибок можно определить присутствие воспаления, которое поражает половые органы. По результатам исследования выявляют уровень лейкоцитов, полезных и патогенных бактерий.
  2. На стерильность. Показывает уровень частоты влагалища. Анализ будет полезен будущим мамам на ранних сроках, по результатам определяют вероятность прерывания беременности.
  3. По папаниколау. Выполняют на профилактическом ежегодном осмотре. По результатам выявляют атрофию клеток половых органов.

Исследование бывает микробиологическим и цитологическим. При помощи первого определяют состав микрофлоры, а второго – неестественные клетки.

Микроскопия не сможет определить:

  1. Беременность. Для этого потребуется анализ на хгч и ультразвуковое исследование матки.
  2. Злокачественную опухоль. Для диагностирования необходимо проводить выскабливание.
  3. Вич. Присутствие вируса определяют при помощи анализа крови. По мазку невозможно со 100% точностью поставить такой диагноз.

Подготовка и проведение анализа микрофлоры в гинекологии

К гинекологическому мазку нужно готовиться. Так можно предотвратить получение ложных результатов и постановку неправильного диагноза.

Подготовка:

  • закончить приём антибактериальных препаратов за 14 дней до исследования;
  • не использовать медикаменты, которые соприкасаются с влагалищем (крема, мази, суппозитории) за 2 суток до исследования;
  • запрещается секс с партнёром за 48 часов до сдачи мазка;
  • не спринцеваться за 2 суток до сдачи;
  • не принимать ванну за 24 часа до сдачи, но допускается душ;
  • при подмывании использовать специальные средства, которые не изменяют pH. Утром перед исследованием вообще не рекомендуется использовать очищающие средства – гели, мыло;
  • менструация является противопоказанием к сдаче, после месячных должно пройти не менее 3 суток, тогда можно делать мазок;
  • нельзя выполнять УЗИ, предусматривающее введение датчика вагинально, а также кольпоскопию за 48 часов до мазка;
  • не ходить в туалет для опорожнения мочевого пузыря за 2 – 3 часа до выполнения мазка.

Если женщина принимает лекарственные препараты, нужно донести эту информацию до лечащего врача. К примеру, приём антибактериальных средств может исказить результаты. Специалист принимает решение об отмене медикаментов либо переносе даты сдачи мазка.

Бакпосев на микрофлору требует подготовительных мер, тогда можно быть уверенной, что точность гинекологического исследования повысится в 3 – 5 раз. Но, в случае неудовлетворительного результата, врач назначит выполнение мазка ещё раз. Нужно заранее приобрести пелёнку и сменную обувь. Этот пункт требует выполнения, если женщина идёт в поликлинику. Частные организации предоставляют всё необходимое.

Бакпосев на микрофлору в гинекологии – это процедура, разрешённая многим, не приносит болевых ощущений. При заборе материала не происходит травмирование половых органов.

Этапы проведения:

  1. Размещение на кресле у гинеколога. Обычно мазок берут с утра. Процедуру выполняют как в больнице, так и в медицинском офисе лаборатории.
  2. Чтобы обеспечить доступ к органам, вводится гинекологическое зеркало. Если у девочки ещё не было партнёров, материал собирается с боку влагалища, тогда невозможно повредить девственную плеву. Размер зеркала зависит от особенностей и возрастной категории. К примеру, для девочек используют S, а если органы сформированы не до конца – XS. После родов используют M или L.
  3. Специалист собирает материал с влагалища при помощи стерильной палочки. Процедура не предусматривает болевых ощущений. Возможен дискомфорт, но только при контакте шпателя с участком воспаления.Чаще всего мазок берут не из 1 точки, а из 3 – стенки влагалища, канал шейки матки, отверстие мочеиспускательного канала. Из каждого участка материал собирают разными стерильными приборами.
  4. Наносят собранный материал на стекло. Секрет из влагалища необходимо распределить по нему. Если собирали материал из разных участков половых органов, для каждого из них требуется своё стекло.
  5. Если в лабораторию материал доставят через 3 и более часов, необходима фиксация мазка.
  6. Если мазок проведён по методу Грама, его необходимо окрасить. Используют метиленовый синий.
  7. Оценивают результат. Срок получения зависит от конкретной лаборатории, её загруженности. Он может варьироваться от нескольких часов до суток. В экстренных случаях, к примеру, при хирургическом вмешательстве, результат выдают спустя несколько минут. В случае ежегодного осмотра срок достигает 14 дней. Частные клиники присылают результат через 1 – 3 дня. Цитологическое исследование занимает больше времени – от 7 до 10 дней.

Бакпосев на микрофлору в гинекологии не предусматривает ограничений. Можно возвращаться к привычной жизни.

Таблица показателей микрофлоры в норме в гинекологии

По результатам исследования можно определить входит ли показатель в норму.

Оптимальные значения для детей указаны в таблице:

ПоказателиВозрастная категория (лет)
1 – 56 – 1011 – 1516 – 17Подростки, живущие половой жизнью
Лейкоциты0 – 23 – 55 – 7Меньше 10
Слизь1 – 2
Эпителий1 – 34 – 65 – 6Меньше 10
ФлораКокковая +СмешаннаяПалочковая

Показатели женщины репродуктивного или климактерического возраста зависят от места забора материала.

Название показателяВагина (V)Цервикальный канал (С)Уретра (U)Из-за чего изменяется количество
ЛейкоцитыДо 10До 30До 5Воспалительный процесс
Эпителий (плоский)От 5 до 10
Гонококки 

Отсутствуют

Гонорея
ТрихомонадыТрихомониаз
Ключевые клеткиПатология
ДрожжиИнфекционное заболевание
МикрофлораГрамположительные палочки ДедерлейнаОтсутствуетПрисутствие патологии
СлизьУмеренноеНетПрисутствие инфекции

Количество показателей, по которым оценивают результат, у женщин гораздо больше, чем у девочек.

У будущей мамы уровень меняется, мазок выполняют 3 раза. Повышенный уровень лактобактерий указывает на нормальное состояние пациентки. При беременности увеличивается содержание слизи. Допускается количество эпителия не выше 15, лейкоцитов – 10.

Расшифровка результатов анализа микрофлоры в гинекологии

В зависимости от результатов различают 4 степени частоты влагалища:

  1. Нормальный уровень лейкоцитов. Слизь и эпителий в умеренном количестве. Степень не является патологией, свидетельствует о хорошей иммунной системе и низкой вероятности воспалительного процесса.
  2. Лейкоциты в нормальном количестве. Умеренный уровень слизи и эпителия. Полезные лактобактерии находятся наравне с дрожжами и кокками. Состояние является нормой. Но микрофлора уже изменена, можно сказать, что иммунитет со временем ослабляется. Риск развития воспаления повышается с каждым разом.
  3. Лейкоциты повышены. Кокки, дрожжи занимают основную часть микрофлоры. Большое количество эпителия и слизи. Данное состояние указывает на воспаление и требует терапии.
  4. Слишком большое количество лейкоцитов. Присутствуют болезнетворные бактерии. Повышенное содержание эпителия и слизи. Выраженный воспалительный процесс, необходимо незамедлительно лечить состояние.

Первые стадии – это норма. Разрешены любые гинекологические процедуры – выскабливание, биопсия и другое. 3 и 4 стадия относятся к нарушению, появляется необходимость в лечении. Любые гинекологические процедуры под запретом.

Описание показателей указано в таблице:

ПоказательОписание
Гонококки и трихомонадыГонококки – основной возбудитель гонореи. При проникновении в половые органы, начинается активное размножение. Вероятность заражения повышается при контакте без средств контрацепции. Норма – отсутствие показателя

Трихомонады провоцируют появление трихомониаза. Если патологии нет, то показатель не определяется

ЛейкоцитыПовышенная концентрация указывает на воспалительный процесс
ЭпителийВысокий уровень указывает на воспалительный процесс, наличие инфекции или сбой в гормонах.

Норма эпителия – меньше 10

СлизьЕсли количество минимально (+) или умеренно (++), есть заболевание
Ключевые клеткиВ норме они должны отсутствовать
ДрожжиЯвляются возбудителями молочницы. Их количество должно быть минимально. Оптимальный вариант – отсутствие дрожжей
КоккиОни должны отсутствовать, но допускается небольшое количество. В норме не более 5%. Иначе развивается неприятная симптоматика – жжение, зуд, нарушение мочеиспускания
Палочки ДедерлейнаОни ответственны за нормальную кислотность. Благодаря этому сперматозоиды проникают к яйцеклетке. А также они препятствуют размножению патогенных бактерий. В норме палочки должны присутствовать

В бакпосеве результат могут указывать в виде плюсов:

  • «+» — мало;
  • «++» — в умеренном количестве;
  • «+++» — большое содержание;
  • «++++» — огромное количество.

Желательно, чтобы расшифровкой результатов занимался лечащий врач.

При каком показателе необходимо обратиться к врачу

Нормы показателей в анализе на микрофлору у женщины:

  • эпителий – 15;
  • лейкоциты, влагалище, мочеиспускательный канал – до 10, шейка матки – 30;
  • палочки Дедерлейна;
  • слизь в небольшом количестве.

Если присутствуют дрожжи, кокки, трихомонады в большом количестве, у женщины есть патология. Необходимо обратиться к врачу – гинекологу. Сдача анализа на микрофлору помогает оценить работу половых органов, поэтому процедура используется в гинекологии.

Исследование проводят для определения инфекции, воспалительного процесса. В качестве профилактики необходимо уделить внимание ежегодному осмотру у врача – гинеколога. Если обнаружить отклонение на ранних стадиях и начать своевременное лечение, можно быстро избавиться от нарушений.

Видео о бакпосеве на микрофлору в гинекологии

Как сдается бактериологический посев мочи:

Что такое бактериальная культура? (с иллюстрациями)

Бактериальная культура - это культивированная колония бактерий, выращиваемая в лаборатории для различных целей, от диагностики пациента до научных исследований. Культурам может потребоваться несколько часов или дней для роста, и они могут потребовать особого ухода, поскольку некоторые бактерии очень привередливы к окружающей среде. Лаборанты обычно следуют определенному набору процедур для стандартизации процесса культивирования и увеличения шансов на успех.

Образцы, взятые из задней стенки глотки, можно выращивать в течение нескольких дней, прежде чем будут получены результаты лабораторных исследований.

Для успешных культур требуется хороший образец. Врачи могут использовать мазки для сбора образцов с места инфекции или сдать кровь, мочу и другие жидкости на посев. В случае исследования окружающей среды образцы почвы, инфицированной ткани растений и воды могут быть полезны для бактериальной культуры. Образец должен храниться в оптимальных условиях, чтобы бактерии выжили, пока они не попадут в лабораторию.

Чашка Петри - один из наиболее распространенных способов создания бактериальной культуры.

Есть несколько способов создать бактериальную культуру. Один из самых распространенных - чашка Петри. Техник приготовит неглубокую посуду, наполненную гелем, обычно сделанную из агара, компонента морских водорослей. Гель содержит питательные вещества для поддержки бактерий после того, как они появятся. Другой вариант - питательный бульон, в котором бактерии будут взвешиваться в жидкости.В обоих случаях бактериальная культура отправляется в инкубатор для стимулирования роста, и технический специалист будет периодически ее осматривать.

Бактериальная культура выращивается в лаборатории для различных целей.

По мере того, как бактерии начинают расти, они могут вызывать видимые изменения в питательной среде.Могут появиться полосы и точки, и колония может окрашиваться в разные цвета по мере распространения. Техник может использовать микроскоп, чтобы изучить бактерии и узнать о них больше с помощью таких тестов, как окрашивание по Граму. Техники также могут добавить в культуру антибиотики, чтобы проверить чувствительность к антибиотикам. Если бактерии отмирают, это означает, что лекарства работают, а если бактерии продолжают расти, это означает, что они устойчивы к этому конкретному лекарству.

Лаборанты обычно следуют определенному набору процедур для стандартизации процесса культивирования и увеличения шансов на успех.

Врачи могут назначить бактериальный посев, если они считают, что у пациента есть инфекция, и хотят подтвердить наличие болезни и определить наиболее подходящие лекарства для ее лечения. Исследователи выращивают бактерии, чтобы определить полезные соединения, узнать больше об их роли в окружающей среде и извлечь бактериальные токсины для исследований. Лаборатории должны тщательно соблюдать протоколы бактериальных культур, чтобы ограничить контаминацию, инфекцию и другие проблемы. Большинство из них подлежат проверке со стороны регулирующих органов, которые обеспечат соблюдение соответствующих мер безопасности.

Культурам может потребоваться несколько часов или дней для роста, и может потребоваться особый уход. Врачи могут добавлять антибиотики в культуру, чтобы проверить чувствительность к антибиотикам. Лаборант может использовать микроскоп для исследования бактериальной культуры..

% PDF-1.3 % 245 0 объект > endobj xref 245 48 0000000016 00000 н. 0000003091 00000 н. 0000003224 00000 н. 0000003881 00000 п. 0000004340 00000 н. 0000004377 00000 п. 0000004423 00000 н. 0000004537 00000 н. 0000004658 00000 п. 0000004812 00000 н. 0000006333 00000 н. 0000007614 00000 н. 0000008808 00000 н. 0000009972 00000 н. 0000010968 00000 п. 0000012006 00000 п. 0000012531 00000 п. 0000013513 00000 п. 0000015006 00000 п. 0000017656 00000 п. 0000017709 00000 п. 0000017938 00000 п. 0000018326 00000 п. 0000020354 00000 п. 0000020671 00000 п. 0000021059 00000 п. 0000024236 00000 п. 0000024576 00000 п. 0000025017 00000 п. 0000080172 00000 п. 0000080211 00000 п. 0000107986 00000 п. 0000109121 00000 п. 0000110048 00000 н. 0000111136 00000 н. 0000115117 00000 н. 0000120025 00000 н. 0000127590 00000 н. 0000130172 00000 н. 0000150821 00000 н. 0000151807 00000 н. 0000153146 00000 н. 0000154463 00000 н. 0000154698 00000 н. 0000156061 00000 н. 0000157308 00000 н. 0000158355 00000 н. 0000001256 00000 н. трейлер ] / Назад 1113218 >> startxref 0 %% EOF 292 0 объект > поток h ެ V {TG% | Д7нк4-

.

Frontiers | Важность бактериальной культуры для пищевой микробиологии в эпоху геномики

Введение

Геномика, изучение кодирования, структуры и функции генетической информации, можно рассматривать как признанную дисциплину с первой публикацией одноименного журнала в 1987 году (McKusick and Ruddle, 1987). Первоначальные попытки секвенировать полный геном организмов потребовали героических вложений изобретательности и ресурсов. Первая прокариотная последовательность Haemophilus influenzae была опубликована в 1995 г. (Fleischmann et al., 1995) и первую последовательность эукариот, Saccharomyces cerevisiae , в 1996 году (Goffeau et al., 1996). Первый геном человека был завершен в 2004 году после многонациональных усилий, стоимость которых оценивалась в 3 миллиарда долларов (Schmutz et al., 2004). Эти вложения окупились благодаря методам и инструментам, которые резко сократили время и стоимость секвенирования, а также время и знания, необходимые для анализа. Для бактериологов геномный анализ становится рутинным инструментом, при этом секвенирование полного генома (WGS) доступно по доступной цене за считанные дни и с анализом, поддерживаемым онлайн-платформами (Jackson et al., 2016; Квонг и др., 2016; Lindsey et al., 2016; Whiteside et al., 2016; Йошида и др., 2016).

Основанием бактериологии как экспериментальной науки стало развитие в XIX веке методов культивирования с использованием твердых или жидких сред. Культура позволила обнаружить и изолировать жизнеспособные бактерии, облегчила наблюдение за метаболической активностью и предоставила биомассу для дальнейшего анализа. По мере того, как геномный анализ бактерий становится доступным в качестве рутинного инструмента, возникает риск возникновения восприятия, что геномный анализ бактерий превосходит или может заменить методы культивирования бактерий из-за скорости анализа и количества получаемых данных.Цель данной статьи - обсудить вопросы, которые микробиологи пищевых продуктов обычно рассматривают в отношении бактерий, и изучить применение культурных и геномных подходов к ответам на них. В пищевой микробиологии бактерии как инфекционные патогены и продуценты токсинов являются проблемой безопасности. Бактерии также представляют собой экономическую проблему, поскольку их метаболическая активность может повысить экономическую ценность пищевых продуктов или отрицательно повлиять на нее, изменяя сенсорные качества или питательную ценность.

Рассмотрение сильных и слабых сторон методов анализа бактерий, основанных на культуре и геноме, указывает на то, что они позволяют по-разному взглянуть на природу и поведение бактерий, причем первые раскрывают фенотипические характеристики и поведение, а более поздние - генотипическую информацию.Ни один из типов информации не превосходит другой, их следует рассматривать как специализированные и дополнительные инструменты, которые подходят для ответа на различные экспериментальные вопросы.

Обнаружение и подсчет бактерий в пищевых продуктах

Наиболее часто используемые формы бактериологического анализа в пищевой микробиологии - это обнаружение и подсчет. Необходимо определить присутствие конкретных бактерий и их концентрацию, чтобы оценить и контролировать риски безопасности, возможность порчи или гарантировать правильные характеристики продукта.Бактерии, представляющие интерес для микробиологии пищевых продуктов, можно разделить на возбудителей инфекций, вызывающих отравление пищевыми продуктами, порчу и вспомогательные средства обработки (Таблица 1). Метаболическая активность бактерии может рассматриваться как вызывающая порчу или как технологическая добавка, в зависимости от желательности изменений, которые возникают в результате.

ТАБЛИЦА 1. Примеры бактерий, представляющих интерес для пищевой микробиологии.

Обнаружение определенных типов бактерий может быть достигнуто путем культуральной изоляции или с помощью таких индикаторов, как биомолекулы, специфичные для организма (например,g., последовательности нуклеиновых кислот, антигены, токсины) или продукты метаболизма (например, газ, кислота, субстраты с хромогенными продуктами) (Gill et al., 2014). Для подсчета концентрация клеток может быть оценена путем разделения образца на твердой поверхности (например, агаровой среды, мембраны), между жидкими аликвотами (например, наиболее вероятное количество) или с помощью прямых или косвенных измерений биомассы (например, оптической плотности, Limulus анализ лизата амебоцитов).

Независимые от культуры диагностические платформы для инфекционных агентов были успешно коммерциализированы в секторе здравоохранения (Caliendo et al., 2013; Зумла и др., 2014; Langley et al., 2015), а потенциал скорости и автоматизации стимулировал интерес к применению аналогичных систем для анализа пищевых продуктов (Anonymous, 2016a, b; Wang and Salazar, 2016). Платформы, разработанные для здравоохранения, не могут быть легко адаптированы для использования в пищевой микробиологии, так как анализ значительно сложнее. Образцы пищевых микробиологов значительно более разнообразны по типу, неоднородны по составу, а концентрация целевых бактерий может быть намного ниже.Также, за исключением стула, биологические жидкости и образцы тканей обычно могут содержать незначительное количество микробиоты.

Присутствие нецелевой микробиоты представляет собой особую проблему при тестировании на патогены, поскольку близкородственные непатогены могут давать ложноположительные результаты, что может иметь серьезные последствия для производителей. Например, Министерство сельского хозяйства США (USDA, 2016) требует тестирования компонентов сырого говяжьего фарша на наличие шига-токсина E. coli (STEC), который обладает тремя признаками: генами вирулентности stx и eae , и шесть O-типов, которые считаются высокорисковыми. Штаммы E. coli , обладающие одним или двумя из этих признаков, считаются представителями низкого риска и не требуют такой же регуляторной реакции. Однако эти три признака не связаны генетически и могут присутствовать в образце у нескольких разных организмов (Delannoy et al., 2016).

Геномные технологии считаются привлекательными для обнаружения, не зависящего от культуры, поскольку надежность может быть обеспечена путем параллельного обнаружения нескольких генов или продуктов их транскрипции. Хотя в настоящее время это невозможно, в принципе, WGS, использующий достаточно длинные считывания, может обнаруживать и подтверждать присутствие полного генома множества организмов-мишеней в сложной смеси ДНК.Однако, несмотря на ускоряющийся прогресс, геномные технологии не подходят для решения двух фундаментальных проблем при обнаружении и подсчете; чувствительность и определение жизнеспособности.

Чувствительность культуральных методов обнаружения бактерий

Чувствительность или предел обнаружения (LOD) методов анализа бактериальных клеток - это минимальная концентрация клеток, которая может быть обнаружена. Анализ на присутствие бактерий, вызывающих отравление, порчу пищевых продуктов или способствующих производству, обычно не требует пределов обнаружения ниже 100 КОЕ / г или мл.Бактерии порчи и переработки не влияют на качество продукта до тех пор, пока их концентрация не превысит значительную, например порча красного мяса Pseudomonads становится очевидной выше 6 log КОЕ / см 2 (Gill and Newton, 1980). Бактериям, вызывающим интоксикацию, необходимо достичь относительно высоких концентраций в пище, прежде чем произойдет значительное производство токсинов. Для C. botulinum порог составляет 3 log КОЕ / г (Austin et al., 1998), а для B. cereus и S.Концентрация клеток aureus должна превышать 5 log КОЕ / г (FDA, 2012). Однако некоторые инфекционные агенты имеют инфекционные дозы в диапазоне от 10 до 100 клеток (Todd et al., 2008), а концентрация патогенных клеток в продуктах, связанных со вспышкой, может быть ниже 1 клетки на 25 г (Gill and Oudit, 2015). ; Gill, Huszczynski, 2016). Таким образом, тестирование пищевых продуктов на соответствие нормативным требованиям на наличие инфекционных бактериальных патогенов требует LOD, приближающегося к 1 клетке на аналитическую единицу, с аналитическими единицами от 10 г до 325 г в зависимости от конкретного патогена и продукта питания (FDA, 2016; Health Canada, 2016; USDA, 2016) .

Без обогащения никакие существующие технологии не могут приблизиться к этой чувствительности (Wang and Salazar, 2016). Независимо от того, основан ли анализ на обнаружении клеток или биомолекул, цель анализа должна быть отделена от окружающей сложной органической матрицы без потери цели из-за привязки к аналитическому аппарату. Относительно большие размеры аналитической единицы (от 10 г до 325 г) делают непрактичным анализ чего-либо, кроме меньшей аликвоты аналитической единицы (от 0,1 до 1 мл), и многие продукты питания состоят из твердых веществ, гелей и суспензий с последующим гетерогенным распределением бактериальных клеток.Метод анализа, который зависит от вероятности присутствия мишени в аликвоте аналитической пробы, по своей сути ненадежен.

Обогащение культур решает проблему высокочувствительного обнаружения бактерий путем амплификации аналитической мишени для повышения концентрации и ее гомогенного распределения в водной суспензии. Это гарантирует, что обнаружение больше не является вероятностным процессом, и значительно упрощается работа с пробами. Единственное ограничение состоит в том, что минимальное время, необходимое для анализа пробы, определяется периодом обогащения.Это будет определяться временем, необходимым клеткам, чтобы начать репликацию (восстановление повреждений и фаза задержки выхода), и временем, необходимым для достижения LOD метода анализа (скорость роста). Период обогащения можно сократить с помощью процесса концентрирования, как только аналитическая мишень равномерно распределится в суспензии. Однако время и ресурсы, необходимые для концентрации, могут сделать это менее эффективным, чем продление периода обогащения.

Определение жизнеспособности бактерий

Для бактериологического анализа пищевых продуктов крайне желательно, чтобы метод анализа не смешивал жизнеспособные клетки (клетки, способные к репликации) с нежизнеспособными клетками или клеточными остатками.Продукты питания часто подвергаются этапам обработки, которые влияют на выживаемость бактерий: полученная популяция клеток может включать жизнеспособные клетки, клетки, которые могут реплицироваться после восстановления (обратимо поврежденные), и клетки, которые не могут реплицироваться, но сохраняют метаболическую активность (необратимо повреждены) (Wu, 2008). Клетки инфекционных агентов, которые не могут размножаться, не представляют угрозы для здоровья. Нереплицирующиеся продуценты токсинов представляют угрозу только в том случае, если их концентрация уже достаточно высока, чтобы представлять риск. Точно так же наличие нереплицирующихся клеток порчи и перерабатывающих бактерий не имеет никакого отношения к качеству пищевых продуктов.

Аналитические методы, которые обнаруживают присутствие биомолекул, таких как ДНК, РНК или белки, не могут определить, представляют ли эти биомолекулы жизнеспособные клетки или нет. Репликация клеток - это сложный процесс, в котором множественные регуляторные механизмы должны координировать синтез и локализацию огромного множества структурных и функциональных молекул (Reyes-Lamothe et al., 2012; Murray and Koh, 2014; Murray, 2016). Неспособность клетки выполнять какую-либо важную функцию может остановить рост и деление клеток.Подтверждение наличия какого-либо одного существенного клеточного компонента не исключает других недостатков, которые могут ингибировать репликацию клеток. Таким образом, жизнеспособность можно определить только двумя методами: определением присутствия и функциональности всех необходимых молекул или просто ожиданием выхода клетки из лаг-фазы и возможностью репликации.

Оценка жизнеспособности может быть дополнительно затруднена из-за возможности вегетативных бактериальных клеток, включая некоторые патогены пищевого происхождения, перейти в другое физиологическое состояние - жизнеспособные, но не культивируемые (VBNC).Состояние VBNC может быть вызвано множеством физико-химических стрессов, когда клетки прекращают репликацию, но продолжают метаболическую активность (Pinto et al., 2015). Экспериментально отличить состояния VNBC от травмы экспериментально сложно, но поскольку по определению клетки VNBC могут возобновить репликацию после воздействия соответствующего стимула реанимации (Pinto et al., 2015), определение правильного стимула для реанимации, а не отказ от культивирования, кажется более продуктивной реакцией.

Характерные бактерии

Бактериальные изоляты характеризуются для подтверждения идентичности, установления взаимосвязей между изолятами и понимания поведения (фенотипа) бактерии. Хотя доступны различные культурные и молекулярные методы характеристики, их заменяет геномный анализ. Геномика может иметь явное превосходство над другими подходами к идентификации и подтипам изолятов, но ее применение для прогнозирования фенотипа гораздо менее надежно.

Идентификация и подтип

Геномный анализ для идентификации изолятов до уровня рода или вида по последовательности 16S рРНК и определение специфических генных маркеров методами, основанными на полимеразной цепной реакции, более надежен и имеет большую дискриминацию, чем фенотипические методы, особенно для идентификации ниже уровня вида (Pace, 2009; Йилмаз и др., 2014). WGS-анализ заменяет другие подходы, так как, если требуется сложный вычислительный анализ, единый лабораторный процесс может предоставить информацию о наличии нескольких генных маркеров и филогенетических отношениях. Кроме того, данные о последовательностях можно ретроспективно проанализировать на предмет дополнительных маркеров или потенциальных взаимосвязей (Franz et al., 2016; Ronholm et al., 2016).

Установление филогенетических взаимосвязей для бактериальных изолятов ниже уровня вида может связать изоляты из клинических, пищевых и экологических образцов для идентификации вспышек и отслеживания источников (Fu and Li, 2014).Анализ одиночного полинуклеотидного полиморфизма (SNP) данных WGS может обеспечить беспрецедентное различие между изолятами (Holt et al., 2008; Chin et al., 2011). В настоящее время разрабатываются методы прогнозирования установленных генетических подтипов на основе данных WGS, такие как гель-электрофорез в импульсном поле, мультилокусное типирование последовательностей и анализ тандемных повторов множественных локусов переменных чисел, но точность может быть снижена из-за коротких длин считывания (Kwong et al., 2016; Йошида и др., 2016). Независимо от того, производится ли подтип изолятов по SNP или альтернативам, единственным ограничением для соответствующих изолятов является полнота доступных WGS и сопутствующих метаданных.Например, данные WGS использовались для определения географического происхождения изолятов (Weedmark et al., 2015; Hoffmann et al., 2016).

Следует отметить, что применение данных WGS для идентификации изолята, выделения подтипов и отслеживания источников в контексте принятия решений в области общественного здравоохранения, регулирования и коммерции появилось совсем недавно, а стандарты для анализа и интерпретации еще не установлены. Сообщаемые результаты зависят от используемой платформы секвенирования (длина считываний, частота ошибок, охват генома) и конвейера анализа данных (Pettengill et al., 2014; Wang et al., 2015). На интерпретацию данных может существенно повлиять выбор, например алгоритмы идентификации нуклеотидов, метод сборки ( de novo или справочная информация) и то, будет ли сравниваться общий или основной геном изолятов. Признается необходимость решения этих проблем путем установления аналитических стандартов, но будет переходный период до достижения консенсуса по стандартам (Franz et al., 2016; Ronholm et al., 2016).

Прогнозирование бактериального фенотипа

Дополнительный характер геномных и фенотипических данных очевиден при попытке понять и предсказать поведение бактерий.Микробиологов, занимающихся пищевыми продуктами, интересует широкий спектр видов поведения бактерий. К ним относятся потенциал выживания и размножения во время производства и распределения пищевых продуктов, вероятность порчи и потенциальная опасность патогенов. Геномный анализ позволяет исследователям быстро обнаруживать известные гены, предполагаемые гены и другие определенные особенности генома. Однако точное соотнесение генотипа с фенотипом является очень сложной задачей. Многие фенотипические характеристики являются продуктом множества генов и их регуляторных систем.Текущие знания о каких-либо биологических регуляторных системах, кроме горстки, далеки от совершенства. Один и тот же фенотип может быть результатом нескольких механизмов с разными генотипами (Wilson, 2014). Фенотип также может зависеть от взаимодействия с другими организмами (Sanchez-Vizuete et al., 2015; Chanos and Mygind, 2016). Генетически гомогенные клетки могут быть фенотипически гетерогенными, как это наблюдается в клетках-персистерах и биопленках (Grote et al., 2015; Van Acker and Coenye, 2016; Verstraeten et al., 2016).Было установлено, что эпигенетическое наследование, метилирование ДНК (Adhikari and Curtis, 2016) и малые РНК (Houri-Zeevi and Rechavi, 2016) играют роль в определении бактериального фенотипа, но механизмы до конца не изучены. Значение других потенциальных эпигенетических механизмов, таких как прионы (Pallarès et al., 2015), самоподдерживающиеся метаболические петли и структурные шаблоны мембран у бактерий, неизвестно (Jablonka and Lamb, 2005).

Проблемы и возможности, возникающие при прогнозировании фенотипа на основе генотипа, иллюстрируются прогнозом устойчивости к противомикробным препаратам (УПП) на основе данных WGS.Многие аналитические платформы WGS предоставляют данные о генах, связанных с AMR, но полезность этой информации сомнительна. Обзор потенциала прогнозирования УПП, проведенный WGS в 2016 г. для Европейского комитета по тестированию чувствительности к противомикробным препаратам, пришел к выводу, что для целей информирования клинических решений «опубликованные доказательства использования WGS в качестве инструмента для точного определения чувствительности к противомикробным препаратам в настоящее время либо недостаточны. или не существует »(Ellington et al., 2016). Хотя точность прогноза может быть ограничена, возможность быстрого скрининга больших популяций штаммов на предмет потенциального фенотипа по-прежнему полезна.Ноулз и др. (2016) использовали данные WGS, чтобы определить, обладает ли конкретный штамм STEC генами AMR, которые были относительно редкими среди E. coli , и определили наличие генов устойчивости к триметоприму. Устойчивость к триметоприму была подтверждена экспериментально, и было продемонстрировано, что добавление триметоприма в питательный бульон способствует выделению (Knowles et al., 2016). При расследовании вспышек этот подход можно использовать для анализа пищевых продуктов на штаммы, ранее изолированные от пациентов.

Цель обсуждения ограничений геномики не состоит в том, чтобы подразумевать, что применение геномики для ответа на эти вопросы неуместно. В сочетании с фенотипическими данными и исследованиями физиологических механизмов геномные данные являются мощным инструментом для улучшения нашего понимания, но необходимо признать проблемы, связанные с установлением связи геномных данных с фенотипом. Принятие решений, связанных с безопасностью пищевых продуктов или обработкой пищевых продуктов, не должно приниматься исключительно на основе геномных данных, а должно подкрепляться фенотипическими данными, которые, в свою очередь, требуют культивирования.Основываясь на фенотипических данных, геномные данные могут улучшить методы культивирования (Knowles et al., 2016) или разработать метод культивирования ранее не культивируемых организмов (Renesto et al., 2003). По мере расширения базы данных данных WGS геномный анализ может использоваться для быстрого скрининга больших популяций на наличие штаммов, потенциально обладающих желаемыми фенотипами, или для отбора экспериментальных штаммов, которые являются репрезентативными для большей популяции.

Заключение

Геномные технологии - это инструменты с огромным потенциалом для расширения нашего понимания бактерий и решения практических проблем в микробиологии пищевых продуктов, но, как и любые другие инструменты, преимущества и затраты зависят от того, как мы решаем их использовать.Медицинская микробиология сталкивается с рядом ненужных проблем из-за тенденции отказа от культурной изоляции для диагностического тестирования, не зависящего от культуры. На клиническом уровне это создает трудности при различении жизнеспособных организмов от нежизнеспособных и при интерпретации данных при наличии нескольких организмов. На уровне общественного здравоохранения это приводит к невозможности сбора эпидемиологических данных, таких как подтип и УПП, и запрещает дальнейшую характеристику и исследования (Janda and Abbott, 2014; Huang et al., 2016). Пищевые микробиологи должны извлечь уроки из этого примера и подумать о том, как получить максимальную пользу, не теряя преимуществ альтернативных технологий. Геномный анализ становится стандартным методом идентификации и филогенетики бактерий, но культивирование по-прежнему необходимо для достижения требуемой чувствительности обнаружения и подсчета, а также для определения жизнеспособности. Не менее важно, чтобы культура была источником изолятов, с которыми можно проводить эксперименты для проверки гипотез, созданных на основе геномных данных.Когда фенотип прогнозируется на основе геномных данных, мы создаем модель биологической системы, и большая ценность таких моделей, как отмечает Джереми Гунавардена (2014), состоит в том, чтобы выявить ограничения нашего понимания.

Авторские взносы

Автор подтверждает, что является единственным соавтором данной работы, и одобрил ее к публикации.

Финансирование

Исследование автора поддержано Министерством здравоохранения Канады.

Заявление о конфликте интересов

Автор заявляет, что исследование проводилось в отсутствие каких-либо коммерческих или финансовых отношений, которые могут быть истолкованы как потенциальный конфликт интересов.

Список литературы

Остин, Дж. У., Доддс, К. Л., Бланчфилд, Б., и Фарбер, Дж. М. (1998). Рост и продукция токсинов Clostridium botulinum на инокулированных свежесрезанных упакованных овощах. J. Food Prot. 61, 324–328. DOI: 10.4315 / 0362-028X-61.3.324

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Калиендо, А.М., Гилберт, Д.Н., Джиноккио, К.С., Хэнсон, К.Э., Мэй, Л., Куинн, Т.С., и др. (2013). Лучшие анализы, лучший уход: улучшенная диагностика инфекционных заболеваний. Clin. Заразить. Дис. 57, S139 – S170. DOI: 10.1093 / cid / cit578

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Чанос, П., Мигинд, Т. (2016). Совместное культивирование индуцируемого продуцирования бактериоцина в молочнокислых бактериях. заявл. Microbiol. Biotechnol. 100, 4297–4308. DOI: 10.1007 / s00253-016-7486-8

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Чин, К. С., Соренсон, Дж., Харрис, Дж. Б., Робинс, В. П., Чарльз, Р.С., Жан-Шарль, Р. Р. и др. (2011). Происхождение штамма вспышки холеры на Гаити. N. Engl. J. Med. 364, 33–42. DOI: 10.1056 / NEJMoa1012928

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Delannoy, S., Chaves, B.D., Ison, S.A., Webb, H.E., Beutin, L., Delaval, J., et al. (2016). Возвращаясь к подходу к тестированию STEC: использование espK и espV для повышения надежности обнаружения энтерогеморрагической Escherichia coli (EHEC) в говядине. Фронт.Microbiol. 7: 1. DOI: 10.3389 / fmicb.2016.00001

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Эллингтон, М. Дж., Экелунд, О., Аеструп, Ф. М., Кантон, Р., Думит, М., Гиск, К., и др. (2016). Роль полногеномного секвенирования (WGS) в тестировании чувствительности бактерий к противомикробным препаратам: отчет подкомитета EUCAST. Clin. Microbiol. Заразить. 23, 2–22. DOI: 10.1016 / j.cmi.2016.11.012

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Флейшманн, Р.Д., Адамс, М. Д., Уайт, О., Клейтон, Р. А., Киркнесс, Э. Ф., Керлавадж, А. Р. и др. (1995). Полногеномное случайное секвенирование и сборка Haemophilus influenzae Rd. Наука 269, 496–512. DOI: 10.1126 / science.7542800

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Франц, Э., Гра, Л. М., и Даллман, Т. (2016). Значение полногеномного секвенирования для эпиднадзора, установления источника и оценки микробного риска патогенов пищевого происхождения. Curr. Мнение. Food Sci. 8, 74–79. DOI: 10.1016 / j.cofs.2016.04.004

CrossRef Полный текст | Google Scholar

Fu, L.-L., and Li, J.-R. (2014). Отслеживание источников микробов: инструмент для выявления источников микробного загрязнения в пищевой цепи. Крит. Rev. Food Sci. Nutr. 54, 699–707. DOI: 10.1080 / 10408398.2011.605231

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Гилл А. и Оудит Д. (2015). Подсчет Escherichia coli O157 в связанном со вспышкой сыре Гауда, приготовленном из сырого молока. J. Food Prot. 78, 1733–1737. DOI: 10.4315 / 0362-028X.JFP-15-036

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Гилл, А. О., Грир, Г. Г., Натресс, Ф. М. (2014). «Микробиологический анализ: стандартные методы», в Encyclopedia of Meat Sciences , Vol. 2, 2-е изд., Редакторы К. Дивайн и М. Дикеман (Оксфорд: Elsevier), 306–316.

Гилл К. О. и Ньютон К. Г. (1980). Развитие бактериальной порчи на поверхности жировой ткани свежего мяса. заявл. Environ. Microbiol. 39, 1076–1077.

PubMed Аннотация | Google Scholar

Goffeau, A., Barrell, B.G., Bussey, H., Davis, R.W., Dujon, B., Feldmann, H., et al. (1996). Жизнь с 6000 генами. Наука 274, 563–567. DOI: 10.1126 / science.274.5287.546

CrossRef Полный текст | Google Scholar

Гроте, Дж., Крысчак, Д., Стрейт, В. Р. (2015). Фенотипическая гетерогенность - феномен, который может объяснить, почему распознавание кворума не всегда приводит к действительно однородному поведению клеток. заявл. Environ. Microbiol. 81, 5280–5289. DOI: 10.1128 / AEM.00900-15

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Хоффманн, М., Луо, Ю., Понедельник, С. Р., Гонсалес-Эскалона, Н., Оттесен, А. Р., Муруванда, Т. и др. (2016). Отслеживание происхождения штамма Salmonella Bareilly, вызвавшего вспышку пищевого происхождения в США. J. Infect. Дис. 213, 502–508. DOI: 10.1093 / infdis / jiv297

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Холт, К.E., Parkhill, J., Mazzoni, C.J., Roumagnac, P., Weill, F.X., Goodhead, I., et al. (2008). Высокопроизводительное секвенирование позволяет получить представление об изменениях и эволюции генома Salmonella Typhi. Нац. Genet. 40, 987–993. DOI: 10,1038 / нг.195

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Хуанг, Дж. Й., Хенао, О. Л., Гриффин, П. М., Вуджиа, Д. Дж., Кронквист, А. Б., Херд, С., и др. (2016). Инфекция патогенами, обычно передаваемыми через пищевые продукты, и влияние все более широкого использования диагностических тестов, не зависящих от культуры, на эпиднадзор - сеть активного наблюдения за болезнями пищевого происхождения, 10 U.С. Сайтов, 2012-2015 гг. Morb. Смертный. Wkly. Реп. 65, 368–371. DOI: 10.15585 / mmwr.mm6514a2

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Яблонька Э. и Лэмб М. Дж. (2005). Эволюция в четырех измерениях: генетические, эпигенетические, поведенческие и символические вариации в истории жизни. Кембридж, Массачусетс: MIT Press.

Google Scholar

Джексон, Б. Р., Тарр, К., Стрейн, Э., Джексон, К. А., Конрад, А., Карлтон, Х. и др.(2016). Внедрение общенационального секвенирования всего генома в режиме реального времени для улучшения выявления и расследования вспышек листериоза. Clin. Заразить. Дис. 63, 380–386. DOI: 10.1093 / cid / ciw242

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Джанда, Дж. М., и Эбботт, С. А. (2014). Культурно-независимое диагностическое тестирование: открыли ли мы ящик Пандоры навсегда? Диагн. Microbiol. Заразить. Дис. 80, 171–176. DOI: 10.1016 / j.diagmicrobio.2014.08.001

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Ноулз, М., Стинсон, С., Ламберт, Д., Каррильо, К., Козиол, А., Готье, М. и др. (2016). Геномные инструменты для индивидуального восстановления и обнаружения токсигенного шига-шига , передаваемого через пищу, Escherichia coli . J. Food Prot. 79, 2066–2077. DOI: 10.4315 / 0362-028X.JFP-16-220

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Квонг, Дж., Меркулия, К., Томита, Т., Истон, М., Ли, Х. Ю., Булах, Д. М. и др. (2016). Перспективное полногеномное секвенирование усиливает национальный надзор за Listeria monocytogenes . J. Clin. Microbiol. 54, 333–342. DOI: 10.1128 / JCM.02344-15

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Лэнгли, Г., Бессер, Дж., Ивамото, М., Лесса, Ф. К., Кронквист, А., Скофф, Т. Х. и др. (2015). Влияние не зависящих от культуры диагностических тестов на надзор в рамках программы будущих новых инфекций. Emerg. Заразить. Дис. 21, 1582–1588. DOI: 10.3201 / eid2109.150570

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Линдси, Р.Л., Пузеле, Х., Чен, Дж. К., Строкбайн, Н. А., и Карлтон, Х. А. (2016). Внедрение полногеномного секвенирования (WGS) для идентификации и характеристики продуцирующего шига-токсин Escherichia coli (STEC) в США. Фронт. Microbiol. 7: 766. DOI: 10.3389 / fmicb.2016.00766

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

McKusick, В. А., и Раддл, Ф. Х. (1987). Новая дисциплина, новое имя, новый журнал. Genomics 1, 1–2.DOI: 10.1016 / 0888-7543 (87)

-X

CrossRef Полный текст | Google Scholar

Мюррей, Х., Кох, А. (2014). Множественные регуляторные системы координируют репликацию ДНК с ростом клеток в Bacillus subtilis . PLoS Genet. 10: e1004731. DOI: 10.1371 / journal.pgen.1004731

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Палларес И., Иглесиас В. и Вентура С. (2015). Фактор терминации Rho Clostridium botulinum содержит прионоподобный домен с сильно амилоидогенным ядром. Фронт. Microbiol. 6: 1516. DOI: 10.3389 / fmicb.2015.01516

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Петтенгилл, Дж. Б., Луо, Ю., Дэвис, С., Чен, Ю., Гонсалес-Эскалона, Н., Оттесен, А., и др. (2014). Оценка альтернативных методов построения филогении на основе данных последовательности всего генома: тематическое исследование с Salmonella . PeerJ 2: e620. DOI: 10.7717 / peerj.620

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Пинто, Д., Сантос, М.А., и Чамбел, Л. (2015). Тридцать лет жизнеспособных, но некультивируемых государственных исследований: нерешенные молекулярные механизмы. Крит. Rev. Microbiol. 41, 61–76. DOI: 10.3109 / 1040841X.2013.794127

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Ренесто П., Крапуле Н., Огата Х., Ла Скола Б., Вестрис Г., Клавери Дж. М. и др. (2003). Геномный дизайн бесклеточной культуральной среды для Tropheryma whipplei . Ланцет 362, 447–449.DOI: 10.1016 / S0140-6736 (03) 14071-8

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Рейес-Ламот Р., Николас Э. и Шерратт Д. Дж. (2012). Репликация и сегрегация хромосом у бактерий. Annu. Преподобный Жене. 46, 121–143. DOI: 10.1146 / annurev-genet-110711-155421

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Ронхольм, Дж., Нашери, Н., Петронелла, Н., и Паготто, Ф. (2016). Навигация по микробиологической безопасности пищевых продуктов в эпоху полногеномного секвенирования. Clin. Microbiol. Ред. 29, 837–857. DOI: 10.1128 / CMR.00056-16

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Санчес-Визуете, П., Оргаз, Б., Аймерих, С., Ле Кок, Д., и Бриандет, Р. (2015). Защита возбудителей болезней от действия дезинфицирующих средств в многовидовых биопленках. Фронт. Microbiol. 6: 705. DOI: 10.3389 / fmicb.2015.00705

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Шмутц Дж., Уиллер Дж., Grimwood, J., Dickson, M., Yang, J., Caoile, C., et al. (2004). Оценка качества последовательности генома человека. Природа 429, 365–368. DOI: 10.1038 / nature02390

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Тодд, Э. С. Д., Грейг, Дж. Д., Бартлесон, К. А., и Майклс, Б. С. (2008). Вспышки, при которых работники пищевой промышленности были причастны к распространению болезней пищевого происхождения. Часть 4. Инфекционные дозы и носительство возбудителя. J. Food Prot. 71, 2339–2373.DOI: 10.4315 / 0362-028X-71.11.2339

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Ван Акер, Х., Коэнье, Т. (2016). Роль оттока и физиологической адаптации в толерантности и устойчивости биопленок. J. Biol. Chem. 291, 12565–12572. DOI: 10.1074 / jbc.R115.707257

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Verstraeten, N., Knapen, W., Fauvart, M., and Michiels, J. (2016). Исторический взгляд на устойчивость бактерий. Methods Mol. Биол. 1333, 3–13. DOI: 10.1007 / 978-1-4939-2854-5_1

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Ван, К., Холмс, Н., Мартинес, Э., Ховард, П., Хилл-Коуторн, Г., Синченко, В. (2015). Дело не только в однонуклеотидных полиморфизмах: сравнение мобильных генетических элементов и делеций в геномах Listeria monocytogenes связывает случаи госпитального листериоза с источником окружающей среды. J. Clin. Microbiol. 53, 3492–3500. DOI: 10.1128 / JCM.00202-15

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Ван Ю. и Салазар Дж. К. (2016). Независимые от культуры методы экспресс-обнаружения бактериальных патогенов и токсинов в пищевых матрицах. Компр. Rev. Food Sci. Food Saf. 15, 183–205. DOI: 10.1111 / 1541-4337.12175

CrossRef Полный текст | Google Scholar

Уидмарк, К. А., Мабон, П., Хайден, К. Л., Ламберт, Д., Ван Домселаар, Г., Остин, Дж.W., et al. (2015). Филогеномный профиль изолята Clostridium botulinum группы II с использованием данных полногеномной последовательности. заявл. Environ. Microbiol. 81, 5938–5948. DOI: 10.1128 / AEM.01155-15

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Whiteside, M.D., Laing, C.R., Manji, A., Kruczkiewicz, P., Taboada, E.N., и Gannon, V.P. (2016). SuperPhy: прогнозирующая геномика бактериального патогена Escherichia coli . BMC Microbiol. 16:65. DOI: 10.1186 / s12866-016-0680-0

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Йилмаз П., Парфри Л. В., Ярза П., Геркен Дж., Прюсс Э., Кваст К. и др. (2014). Таксономические рамки SILVA и «проекта живого дерева всех видов (LTP)». Nucleic Acids Res. 42, D643 – D648. DOI: 10.1093 / nar / gkt1209

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Yoshida, C., Kruczkiewicz, P., Laing, C.R., Lingohr, E.Дж., Гэннон, В. П. Дж., Нэш, Дж. Х. Э. и др. (2016). Ресурс Salmonella in silico typing (SISTR): открытый веб-инструмент для быстрого набора и подтипирования проектов геномных сборок Salmonella . PLoS ONE 11: e0147101. DOI: 10.1371 / journal.pone.0147101

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Зумла А., Аль-Тауфик Дж. А., Энне В. И., Кидд М., Дростен К., Брейер Дж. И др. (2014). Диагностические тесты для быстрой диагностики вирусных и бактериальных инфекций дыхательных путей - потребности, достижения и перспективы на будущее. Ланцетная инфекция. Дис. 14, 1123–1135. DOI: 10.1016 / S1473-099 (14) 70827-8

CrossRef Полный текст | Google Scholar

.

PPT - методы культивирования бактерий ОСНОВЫ PowerPoint Presentation, скачать бесплатно

  • методы культивирования бактерий ОСНОВЫ Доктор ТВРао, доктор медицины, доктор ТВРао, доктор медицины

  • Бактериальное питание и дизайн питательных сред • На основе метаболизма бактерий * • pH культуры • окислительно-восстановительный потенциал культуры. • Требования к газам • Кислород, углекислый газ и другие газы Dr.TVRao MD

  • Питательные среды • Используется для выращивания бактерий • Может использоваться для: • увеличения количества бактерий • Выбор определенных бактерий и подавления других • Различать разные виды бактерий Dr.TVRao MD

  • Концентрация кислорода • Аэробы • Анаэробы (не требуют кислорода) • Облигатные анаэробы (умирают в присутствии кислорода) • Факультативные анаэробы (кишечная палочка) • Микроаэрофильные бактерии Dr.TVRao MD

  • Цель культивирования • Изоляция • Свойства бактерий • Для создания антигенов для лабораторного использования • Типирование с помощью бактериофагов и чувствительности к бактериоцинам • Для проверки чувствительности к антибиотикам • Оценить количество жизнеспособных бактерий • Поддерживать исходные культуры Dr.TVRao MD

  • Методы выделения чистой культуры с помощью .. • 1. Посев на поверхность • 2 Среда для обогащения • 3 Селективная среда • 4 Индикаторная среда Dr.TVRao MD

  • Типы используемых сред Среды общего назначения будут поддерживать рост многих микроорганизмов. Обогащенная среда - это среда общего назначения, дополненная кровью или другими специальными питательными веществами для стимулирования роста привередливых гетеротрофов; (привередливость = сложные потребности в питании.T.V.Rao MD

  • Типы используемых сред Селективные среды способствуют росту определенных микроорганизмов и подавляют рост других. Дифференциальные среды различают разные группы бактерий на основе их биологических характеристик; Вызывает наблюдаемые изменения в среде, когда происходит биохимическая реакция. Доктор ТВРао MD

  • Температура (характеристические диапазоны) • Психрофилы: при оптимальной температуре роста около 20 ° C • Мезопилы: от 15 до 45 с оптимальным значением около 37 ° C • Термофилы: от 30 до 75 с оптимальным значением около 55 ° C • Гипертермофилы: Т термо, чем 100 ° C Dr.TVRao MD

  • Температура и рост бактерий Dr.TVRao MD

  • Dr.TVRao MD

  • Требования для роста: физические требования • pH • Большинство бактерий растут между pH 6.5 и 7.5 • Плесень и дрожжи растут при pH от 5 до 6 • Ацидофильный рост в кислой среде Dr.TVRao MD

  • Культивирование • Используется для выращивания бактерий • Может использоваться для: • увеличения числа бактерий • Выбрать для одних бактерий и подавить другие • Различать разные виды бактерий Dr.TVRao MD

  • Методы выделения бактерий • Штриховая культура • Инсульт • Укол • Заливная чашка • Жидкая культура • Специальные методы для анаэробных культур Доктор TVRao MD

  • Как засеять культуральную чашку Как засеять чашку • Планшет: обеспечьте большую поверхность для выделения и наблюдения за колониями • С помощью стерильной петли или стерильного тампона нанесите полоску на чашку Петри • Важно, чтобы стерилизованная петля остыла перед взятием образца.T.V.Rao MD

  • Различные методы культивирования Бактерии Dr.T.V.Rao MD

  • Агар МакКонки • Пример: агар МакКонки имеет цветной индикатор, который определяет присутствие кислоты. Бактерии, ферментирующие определенный сахар (например, глюкозу в питательной среде), будут производить кислотные отходы на чашках, индикатор pH станет красным. Доктор Т.В. Рао MD

  • Колонии - Сделайте наблюдение • Форма • Размер • Высота • Край • Поверхность • Непрозрачность • Консистенция Dr.T.V.Rao MD

  • Жидкие среды Жидкие среды: самые простые в приготовлении и использовании. Подходит для выращивания микробов, необходимых для анализа или экспериментов. Без заражения чистой культурой невозможно разделить разные организмы. Доктор ТВРао, MD

  • Наклонное наблюдение http://www.rlc.dcccd.edu/MATHSCI/reynolds/MICRO/lab_manual/slant_patterns.jpg Доктор ТВРао, доктор медицины

  • • Streak Culture • Streak Culture Культивирование газонов или ковров для создания однородной поверхности организмов • Типирование бактериофагов • Получение большого количества антигенов Dr.TVRao MD

  • Выращивание микробов требует навыков Dr.TVRao MD

  • Streak Plate Dr.TVRao MD Рисунок 6.10a – b

  • Методы выделения чистой культуры • 1. Посев на поверхность • 2 Среда для обогащения • 3 Селективная среда • 4 Индикаторная среда Dr.TVRao MD

  • Жидкостное культивирование • Жидкие культуры производятся в • Пробирках • Бутылках • Колбах • Посев крови • Анализ воды Dr.T.V.Rao MD

  • Stab Culture • Прокол подходящей среды, такой как питательный агар, желатин, • Наблюдать за разжижением желатина • Сохранение исходной культуры. Доктор ТВРао MD

  • Метод скользящей пластины Доктор ТВРао MD

  • Зоны подавления роста Микробный тест на чувствительность к антибиотикам (Тест диффузии в агаре) Доктор ТВРао MD

  • Агар Мюллера-Хинтона для тестирования антибиотиков Dr.TVRao MD

  • Измерение зоны ингибирования Dr.TVRao MD

  • Минимальная ингибирующая концентрация определяет паттерны чувствительности к антибиотику Доктор TVRao MD

  • Установленные условия для определения анаэробов и бактерий Доктор ТВРао MD

  • В эксикаторе осталось немного кислорода Не подходит для культивирования в жидкости. Вытеснение кислорода осуществляется с помощью эксикатора водорода, азота, гелия, СО2.TVRao MD

  • Candle Jar • Засеянные чашки хранятся • Горящая свеча использует весь кислород • Но остается немного кислорода • Но присутствие Co2 стимулирует большинство бактерий. Dr.TVRao MD

  • Mac In tosh Fildes Anaerobic Jar • Содержит вход и выход • Электропитание • Планшеты с инокулированной культурой • При электризации палладинизированный асбест нагревание действует как катализатор для соединения водорода с остаточным кислородом, вызывая полный анаэробиаз.TVRao MD

  • Газовый пакет • Одноразовый конверт содержит химические вещества, выделяющие водород и углекислый газ при добавлении воды • Посевные пластины хранятся в сосуде • Добавляется вода, выделяются водород и углекислый газ • Наличие холодного катализатора в оболочка позволяет сочетать водород и кислород для создания анаэробной среды • Индикатор - метиленовый синий • Бесцветный в анаэробной среде. Доктор Т.В. Рао MD

  • Другие восстановители • Восстановители O.1% тигликлолат 0,1% аскорбиновая кислота 0,05% цистеин Dr.TVRao MD

  • Готовая мясная среда Робертсона, обычно используемая в анаэробных спороносных бактериях Dr.TVRao MD

  • Dr.TVRao MD

  • Lowenstein Jensen Medium - культивирование Mycobacterium tuberculosis Dr.TVRao MD

  • Работа с микобактериями нуждается в биосафте Dr.TVRao MD

  • Created by Dr.Т.В. Рао, доктор медицины по базовому обучению культивированию бактерий для студентов-медиков и парамедиков, изучающих микробиологию.


    Смотрите также